韩秀升在三峡起兵，占领三峡和重庆，西川小朝廷的江南贡赋全部被截断。陈敬瑄与高仁厚谋说：“秀升未禽，贡输梗夺，百官乏奉，民不盐食。公能破贼，当以东川待公。”仁厚许之。僖宗下诏拜高仁厚为行军司马，令其带兵三千讨伐韩秀升。庄梦蝶屡次和韩秀升交战都被击败，听闻高仁厚到来，连忙前来拜见。高仁厚怒说：“将军领兵一万擒拿区区一个韩秀升却一败再败，该当何罪？”庄梦蝶惭愧的说：“三峡、重庆高山林立，河流众多，末将实在吃力。”高仁厚说：“领兵打仗不懂地形，乃自寻死路。立即派出探子打探韩秀升的虚实，三天后回复给我。”庄梦蝶领命，连忙去办。
高仁厚亲自带兵前去观察地形，遇到村庄年老长者，高仁厚都会细心上前询问路况。三天后，探子回报：“贼储械、子女皆在江边的山屯上。”高仁厚大喜，乃以锐兵来到江边，令各将听令，两边将校排列，高仁厚先对胡弘略说：“将军带领自己的将士伐木颓水碍舟道。“再对杨茂言说：“将军准备好火把和硫磺，准备攻击韩秀升的粮草。”最后对庄梦蝶说：“将军选派会游泳的将士，负岸而阵，见韩秀升前来支援，立即凿沉其船”。各个将领分头前去准备。高仁厚使游军逼韩秀升的营垒，韩秀升的部下屈行从下令各个营垒的将士戒备，准备和官军搏战。农民军们戒备了几天后，久不见官军来击，以为官军害怕不敢来战，于是放松戒备。高仁厚于是对众将士说：“军法虚虚实实，实实虚虚，韩秀升见我久不出击，一定放松戒备，今晚我带领你们杀贼立功。”官军士气大振。
深夜，高仁厚令锐将郭琪率领三千精锐持火把硫磺跟着后面，自己亲率大军持短刀、强弩直薄敌营，屈行从听闻官军杀来，立即带兵抵挡，高仁厚勇猛，屈行从抵挡不住。官军们一边砍杀一边放火，高仁厚带兵一边冲锋一边狂噪，农民军大惊，纷纷投降。庄梦蝶杀进农民军堆放粮草的营垒，一把火把农民军的粮草烧了。韩秀升见自己的粮草营垒火光冲天，立即率舟兵来救火，胡弘略带领壮士鹜没凿舟，舟皆沉，农民军众惧，多溃。韩秀升大怒，斩溃兵，欲胁止之，众怒，执秀升以降。高仁厚看到韩秀升，问说：“天子蒙尘，尔等身为朝廷的将领，不但不出兵讨贼，反而和贼寇祸害西蜀，该当何罪？”韩秀升对说：“天子蒙尘，前来西蜀，但是赏赐皆厚神策军，却当我们西蜀将士如无物，反者何独我？”高仁厚大怒，令槛车送成都行在，僖宗令斩于闹市，以儆效尤。
高仁厚带军凯旋，唐僖宗和田令孜宴请有功将士，用金杯行酒，并将金杯赐与各个将领。唯独西川黄头军使郭琪不喝酒。郭琪对田令孜说；“诸将每月的俸禄丰赡有余，常思难以报答圣恩，岂敢贪得无厌。只是蜀军与诸军同样宿卫朝廷，而蜀军的赏赐少得可怜，蜀军很有怨望之气，恐怕万一引起兵变。希望军容能减少诸将的赏赐而均给蜀军，使土客的待遇一样，那样蜀军上下就会高兴了。”田今孜沉默了一会，问：“你曾有何功劳？”郭琪说：“我生长在山东，征戍边鄙，曾与党项打了十七仗，与契丹打了十几次仗，金创满身，征伐吐谷浑时受伤，肠子都流出来了，用线缝好后又去参战。”田今孜换了一个杯子给郭琪酌酒。郭琪知道田令孜要毒死自己，只得拜谢饮之。
回到军营，郭琪杀了一个侍婢，吮其血以解毒，吐出几升黑汁，遂帅其部队叛乱，焚掠成都。田令孜保护唐僖宗达到东城避乱，陈敬瑄令高仁厚出兵平息叛乱，高仁厚带兵一阵狂杀，郭琪抵挡不住，逃亡到东川归顺杨师立。
自到成都后，唐僖宗日夜与宦官在一起，议论如何收复长安等国家大事，对待朝官特别疏薄。左拾遗孟昭图上硫极谏，说：“国家安定的时候，远近官员还须同心同德，今天，国家多难，中官（宦官）与朝官尤其应当一体。去年冬天，车驾西幸，没有告诉南司（朝官），结果宰相仆射以下的官员多被赋杀害，唯独北司（宦官）平安完好，今天能到这里的朝宫，都是冒着生命危险，经过崎岖跋涉，千里迢迢来供奉陛下驱使的，陛下与朝官应该同休戚共患难才是。昨夜黄头军作乱，陛下独与田令孜、陈敬瑄以及诸内臣（宦官）闭城登楼，并不召宰相以下朝臣入域。第二天，既不召对宰相，又不宣慰朝臣。臣身居谅官之位，到今天还不知道圣躬安否；假若群臣不顾君上，罪固当诛，若陛下不体恤群臣，道理又何在呢？天下，是高祖、太宗开创的天下，不是北司专有的天下；天子是四海九州的天子，也不独是北司的天子。北司的人未必都是可以信赖的，南司的人未必全都无用。难道天子与宰相没有任何关系，天子和朝臣就象勿勿行路的陌生人？如此下去，恐伯很难收复长安，而那些尸位素餐者，倒可以安然自在。臣身受宠荣，职责又在裨益，过去的事情已不能挽回，对于将来的事再不能着迷呀？”
田令孜看到奏疏，大怒，扣住不报，并矫诏贬孟昭图为嘉州司户，孟昭图无奈，带着家属前去嘉州赴任，刚到蟆颐津，一伙蒙面人突然杀出，孟昭图大惊，其随从纷纷逃命，蒙面人的头目怒说：“你这辈子最大的错误就是得罪田令孜，是田令孜令我们杀你的，你做了水鬼要找人算账找田令孜。”于是几个人将孟昭图捆绑，扔进长江淹死。
花开两朵，各表一枝。中和二年五月，昭义节度使高浔攻华州，王重荣与之并力，攻克华州。郑汉璋听闻华州失守，连忙对黄巢说：“华州前据华山,后临泾渭,左控潼关,右阻蓝田关，是不可以丢失的。”黄巢于是令大将李详与费传古带兵五万前去收复华州。
高浔听说巢将李详领兵到来，于是令大将成麟率所部埋伏在石桥下，自己领兵出击。李详与高浔战于石桥，突然成麟伏兵尽出，农民军败绩，李详问计费传古，费传古说：“高浔狂妄自大，而其大将成麟却心怀异志，早想取而代之，我们收买成麟就可以打败高浔。”李详于是派人对成麟说：“将军龙行虎步，应成为一方之诸侯，现在风云际会，何必受制于人，如有大志，李将军愿派兵相助。”成麟想想觉得也是：“自己的名字叫成麟就应该成为麒麟，何必受制于人”。于是大叫说：“李将军有何条件？”李详的使者说：“没有什么大的条件，只是要求将军率兵返回潞州而已。”成麟大喜，立即率领所部约高浔决战。高浔听闻成麟谋反，大怒说：“现在黄贼未灭，没想到自己的部下既然先反了。”于是下令：“列阵”。两边对垒，高浔大叫说：“好你个成麟，你想造反吗？”成麟大叫说：“赢者为王，败者寇，你何德何能做昭义节度使？有种和我大战三百回合。”高浔怒，和成麟大战，一百回合后，成麟大吼一声斩高浔于马下，成麟大叫说：“还有谁不服？出来和我单挑。”高浔的部下没人敢动，成麟于是兼并高浔的军队返回潞州。李详复取华州，黄巢即授成麟为潞州留后，李详为华州刺史。
王重荣和朱温对垒，眼看粮食就要吃完，急令后方粮官运粮到夏阳，时朱温也缺粮，探子打听到官兵的粮船就要到，连忙飞马回报。朱温大喜，于是精选精锐五千前去夺船，王重荣听闻朱温掠夺粮食，大惊说：“军无粮草必亡，好你个朱温。”于是以甲士三万亲往救之，河中郡粮船三十艘沿着永济河缓缓运送粮食到夏阳，刚刚到码头，朱温伏兵尽出，一阵大杀，护粮的军士个个逃命，朱温正得意之时，探子来报：“王重荣率大军正在赶来救援。”朱温惧，下令：“把所有粮船凿沉。”王重荣见朱温毁了自己的粮食，大怒，遂兵围朱温于同州。
朱温使劲兵居前，领兵出战，王重荣率军冲杀，双方大战，朱温劲兵努力向前，王重荣大败，退兵三十里，王重荣大怒，将首先败退的几个校尉全部砍杀。来日，王重荣再约朱温决战，朱温大笑说：“败军之将，还敢言勇。”于是准备领兵出击。元从都将胡真大叫说：“杀鸡焉用牛刀，我去收拾姓王的。”朱温大喜，令胡真领兵出战，两军对垒，胡真策马而出，以锏指王重荣说：“王贼出来，和我胡真大战三百回合。”王重荣大怒，拔剑而出，直扑胡真，双方大战六十回合，胡真不敌，王重荣一阵狂杀，农民军大败。朱温听闻胡真大败，大怒，再次领兵出战，王重荣令弓箭手埋伏在前军后面，朱温领劲兵冲杀，王重荣浑然不动，等朱温来近，重荣突然'把手一摆，前军立即蹲下，后面弓箭手纷纷射箭，朱温连忙拉住战马转马而逃，王重荣立即带兵冲杀，朱温大败。
王重荣攻城甚急，朱温请求黄巢支援，黄巢派黄邺率众自华阴支援朱温，合攻王重荣。王重荣听闻农民军援军到来，把围城的任务交给其弟王重盈，自己率领精锐五千前去截击大齐援军。王重荣激励士众说：“贼寇援军到来，不过是乌合之众，现在本帅带领你们与敌交战，努力杀敌者重赏，临阵脱逃者杀无赦。”众将士个个欢呼。黄邺率领一万五千士兵来到同州边界，刚刚来到一个山坡下，突然，王重荣带兵从山顶冲杀而下，黄邺连忙抵挡，援军被冲得稀巴烂，黄邺敌不过王重荣，拔马先逃，援军大部被歼。朱温听闻援军被王重荣歼灭，大惊，再向长安求援粮食和将士。孟楷看到朱温的急报，心想：“现在我等都自身难保，哪还有什么援兵！”于是沮不报。
一个月后，朱温不见一点消息到来，算度巢势蹙且败，而孟楷方专国，自己粮草又尽，于是信心动摇。参谋谢瞳揣朱温有择福意，乃进说：“黄家以数十万之师，值唐朝久安，人不习战，因利乘便，遂下两京。然始窃伪号，任用已失其所。今将军勇冠三军，力战于外，而孟楷专务壅蔽，奏章不达，下为庸才所制，无独断之明，破亡之兆必矣。况土德未厌，外兵四集，漕运波注，日以收复为名，惟将军察之。”朱温说：“我意素决，尔又如是，复何疑哉！”翼日，遂定策，即斩监军马恭，悉众归顺于河中降王重荣。王重荣听说朱温投降，大喜，立即上报朝廷，僖宗封其为宣武节度使，并赐名为全忠。王重荣表谢瞳为检校屯田员外郎，赐绯，令奉表于蜀。唐僖宗大悦，召入顾问，锡赉甚厚，以功授朝散大夫、太子率更令，赐紫，为陵州刺史。
话说拓拔思恭兵败后返回夏州，休养生息，八月，拓拔思恭再选锐士万八千，发誓要为其弟报仇，拓跋思恭对众将士说：“大军遇敌，不奋力杀敌者死，临阵脱逃者死，不守军纪者死！”经过一番整训后，拓跋思恭再次请求出战，唐僖宗立即嘉奖，赠其弟拓拔思忠为宥州刺史，赐夏州军为定难军。拓跋思恭见尚让兵正盛，鉴于其弟灭亡的教训，暂时逗留不进。中和二年，僖宗进拓拔思恭为京四面都统，令其出兵击黄巢。正好，黄巢令降将王玫率军五万收复兴平，王玫率军来到马嵬坡，左眼不断狂跳，玫对副将说：“唐明皇就是在马嵬坡遇兵变，益杀杨贵妃的。”突然，一阵阴风袭来，王玫大惊，拓拔思恭突然领兵杀出，农民军大乱，王玫和拓拔思恭大战四十回合被砍于马下，五万大军被拓拔思恭全歼。