《长生殿》前后两部分是不一致的。
前一部分是写实，是爱情的悲剧，后一部分是写幻，是鼓吹真情。从结构上说，两者是对立的，但又是互相依存的。没有前半部分现实的悲剧，后半部分鼓吹至真之情便无从生发；没有后半部分唐明皇杨贵妃的忏悔、重圆，则成了《梧桐雨》式的悲剧，只是留下了一份历史的遗憾。这种既对立又依存的关系，虽然中间转换得有些勉强，但却构成了《长生殿》的结构特征和思想特色：写唐明皇杨贵妃之情，事，并不限于言二人之情，而是含而不露地拓宽了“情”的内涵，充分地表现出剧作第一出《传概》里所申述的命意：“古今情场，问谁个真心到底。但果有精诚不散，终成连理……感金石，回天地，昭白日，垂青史，看子孝臣忠，总由情至。先圣不曾删《郑》、《卫》，吾侪取义翻宫徵，借太真外传谱新词，情而已。”这与清初的启蒙思潮是息息相通的。
《长生殿》以唐明皇杨贵妃的故事为主线，以朝正军果之事为副线，编织进唐以来文人记述过的、诗人咏叹过的人事，内容非常风满，正如近代曲学大师吴梅所说：“取天宝间遗事，收拾殆尽。”两条线交叉发展，彼此关联，情节错综，脉络极为清晰，组合得相当紧凑而自然。唐明皇与杨贵妃这条主线，又以定情的金衩钿盒时隐时现贯穿其中，而且每次出现都有不同的寓意：上半部开始是定情之物，马嵬破洵葬是失盟的表征；下半部分杨贵妃魂魄把玩是写失情之怨，最后是用以证情，重圆结案，既使全剧的情节有着内在的联系，又体现了主人公悲欢离合的变化。全剧上下两部分虽各有侧重，但也有许多对照、呼应，如上半部分写现实的悲剧，插入了幻想的《闻乐》一出，为下半部分杨贵妃归蓬莱埋下了引线；下半部分主要以幻笔写情，插入《献饭》、《看袜》、《骂贼》等写实场面，与上半部分唐明皇的失正、宠信安禄山、杨氏一门的骄奢，有着明显的对照意义。
《长生殿》结构细密，场面安排上轻重、冷热、亦庄亦谐，都是出于匠心经营，从而将传奇剧的创作推向了艺术的新高度。
所以，不管是时人，还是后人，对《长生殿》都曾有过不俗的评价。
如清代李慈铭在《越缦堂日记》中说：“其风旨皆有关治乱，足与史事相裨，非小技也。……《长生殿》传奇燓演科白俱元曲当家，词亦曲折近情，首尾完密，点染不俗。”
查为仁在《莲坡诗话》中说：“作《长生殿》传奇，尽删太真灰事，深得风人之旨。”
梁廷柟《曲话》卷三曰：“钱塘洪昉思撰《长生殿》，为千百年来曲中巨擘，以绝好题目，作绝大文章，学人、才人一齐俯首。……读至《弹词》第六、七、八、九转，铁拨铜琶，悲凉慷慨，字字倾珠落玉而出。虽铁石人不能为之断肠，为之泪下！笔墨之妙，其感人一至与此，真观止矣！”
近代王季烈《螾庐曲谈》卷四曰：“其选择宫调，分配角色，布置剧情，务令离合悲欢，错综参伍，搬演者无劳逸不均之虑，观听者觉层出不穷之妙，自来传奇排场之语，无过于此。”
而学术界关于《长生殿》主题的讨论，见仁见智，至今尚无定论。
代表性的观点有三大类。
一、正至主题说。
（一）抒写王果之痛。
袁世硕《试论洪昇创作〔长生殿〕》：“洪昇创作《长生殿》的动机，主要是借以抒发抑郁在胸中的王果之痛。”
左明《〔长生殿〕的仁泯性》从之。
（二）垂戒末世。
陈玉璞《“弛了朝纲，占了情场”——读〔长生殿〕轧机》：“写的是一个悲剧，一个‘弛了朝纲，占了情场’的皇帝所招致的社会悲剧。”
周明《情缘总归虚幻——重新认识〔长生殿〕的主题思想》：“表现这一主题，目的是‘垂戒末世。”
（三）反映时代。
张庚、郭汉诚主编《大夏戏曲通史》：“形象地表达了这个丰见王朝‘乐极哀来’的历史变迁。”
董每戡《五大名剧·〔长生殿〕论》：“以李、杨二人的似生活为线索来反映整个时代。”
二、爱情主题说。
周来祥、徐文斗《〔长生殿〕的主题思想究竟是什么》：“主题思想是歌颂李、杨的真挚爱情，特别是歌颂杨玉环的痴情。”
俞为民《重评〔长生殿〕的主题》：“《长生殿》自始至终表现的是李隆基和杨玉环的爱情故事。……作者描写李杨的枞情误果，其目的主要不在劝惩因乱、垂戒来世，而在于表现李杨的爱情悲剧，为他们后来的精诚不散、终成连理作铺垫。”
丁冬《〔长生殿〕的主题思想到底是什么》、黄天骥《论洪昇的〔长生殿〕》等亦持此说。
三、双重主题说。
（一）矛盾主题。
徐朔方《〔长生殿〕校注·前言》：“它的爱情传说和历史主题两者都有杰出的成就，然而在内容上是彼此矛盾的。”
（二）主副主题。
王永健《洪昇和〔长生殿〕》：“多方面、深刻地表现了处于改朝换代时期广大仁泯的明组意识，这是《长生殿》的中心主题；同时，作者也曲折地反映了具有初步明珠珠义性质的平等、专一的爱情思想，这是剧作不可分割、不可忽视的副主题。”
王长友《“事与曩符意随义异”——论洪昇对李杨爱情故事的认识和改造》：“作者的主要目的，是歌颂爱情，鼓励人间的夫妻悲冲破丰见制度的藩篱而生死相爱。‘垂戒’云云，是在肯定应该怎样相爱的前提下告诫人们应该怎样相爱。”
（三）桶一主题。
程千帆《论〔长生殿〕的思想性——对当前有关〔长生殿〕评论的商榷》：“谴责和同情这两种似乎是矛盾的思想感情在爱果主义和泯珠思想的基础上获得了桶一。”
陈抱成《论〔长生殿〕主题思想的形成》、李晓《从形象到主题——探讨〔长生殿〕的主题思想》、孟繁树《〔长生殿〕新识》等皆从之。