蔡锷在南京逗留了几天就带着一批军火回去了，.
停会了的三方会谈继续进行，宋教仁表示赞同选举，杨度在秦三和宋教仁都同意之下也被迫同意，但是又在军事上进行了激烈地争辩，最后决定建立只留下华东、北洋、华南三个军区，再加一个首都军区，三大军区还是原来的人管，但是要接受中央的管理和调遣，不允许三方互相攻击。
最后的问题就是国会的席位怎么安排，秦三建议三方各拿三分之一，但是直接被那些原本来打酱油的各省代表给拒绝了，理由是他们也要席位，应该分为四份三方各拿一份，留下的是他们的，可是杨度又不服了，他们北洋政府搞掉了满清，按理说功劳最大，应该拿一半的席位，而宋教仁则认为是他们民国政府率先革命的功劳也很大，不是你北洋说了算。
由于在这方面的观点宋教仁和杨度都不放松所以会谈一度停止了几次都没有得到进展，很快宋教仁和杨度都被召回去了，理由是席位无法确定，会谈被无限期延迟。
其实这也是日本人搞的鬼，日本人把秦宇拥有强大海军的消息通过间谍透露给了袁世凯和孙大炮，这两人在确定这个之后就紧急召回自己的人，这还谈什么，他们可不敢确信秦宇在有了海军后会不对他们下手。
孙大炮和袁世凯为了这件事亲自进行了第一次通话，两人都在电报房，等待着对方的电报。
袁世凯：“孙文孙总统你好，我是北洋政府的袁世凯大总统，贤弟应该也知道了华东方面的海军不但有萨冰镇易帜的海军，现在又拥有了更加强大的战舰，这可是对我们都是一个非常大的威胁，鉴于此兄想和贤弟和做个合作，不知贤弟如何？”现在拥有了强大海军的秦宇对他袁世凯的威胁最大，谁叫自己没有海军。
孙文：“承蒙袁大总统阁下看得起在下喊我一声贤弟，至于华东方面的海军对我方的威胁不是很大，毕竟我们这里可是内陆，而华东军实在是太强了，相信袁兄也体会过，我们革命军是在是缺少武器弹药，恐怕支持不了和华东军的久战，而且军队的军饷也有几个月没有发了，弟也是无奈啊！”
袁世凯在看到孙文的电报后直骂孙文趁火打劫，但是他自己还真的很需要孙文的帮助，毕竟不能自己一人去独扛华东军啊。
袁世凯：“这样吧，我可以支持贤弟一批军火和一些资金用来支持我们的伐秦计划，到时候为兄在北面对华东军进行攻击，而贤弟则在南方进攻，对华东军进行夹击，此举一定能够一次灭掉华东军。”
孙文：“这个可以，就是不知胜利后华东的利益如可分配？”
袁世凯：“可以这样，谁占领的地盘就属于谁，并且双方不得攻击已经占领的地盘，如果谁第一个进入南京谁就可以直接拥有过后建立什么国体的话事权，另一方不得反对。”
“好的，但是这个国体必须是民主制，如果是袁兄先进入南京则尊袁兄为国家大总统，不管是谁必须遵守民国的法律，如果是弟我先进的话就的以我为大总统，北洋必须听从民国政府的安排。”
袁世凯心里认为这个可以，反正也是密约，到时候自己就说没有就行了。袁世凯：“可以，我们要做个密约，双方派人秘密进行签约，对了华东的秦宇该怎么办？”
孙文：“至于秦宇还是让他在我们行动的时候消失的更好，这样也可以从内部打垮他们，效果更好，但是这个的话还是由袁兄来做的好。”
袁世凯看了就提到：“由我们双方的情报人员来做，各做各的，谁成功了，以后的话事权则更大。”
“好，那什么时候进行攻击？”
“就在秦宇出事后一天共同进行伐秦计划，现在就看谁的人更厉害了。”
孙文和袁世凯再聊了一下后，就去安排伐秦计划了。
孙文和一干同盟会的头头进行秘密商谈，拿出发现华东有大量海军的证据后就对这些头头进行华东威胁论，声称要早点解决华东，不然一定会酿成大祸。在的得到一至认可后孙文直接搬出自己和袁世凯的秘密约定，然后说要进行伐秦计划，众人虽然觉得不怎么好，但是孙文既然决定了那么他们也不好反驳。其中的陈其美更是保证刺秦任务会绝对成功，并由他亲自去和潜伏在华东军的人员接触，因为他非常地恨秦宇把他的上海都督给抢走了。
在决定了之后陈其美就直接化妆前往南京进行任务，而在北京的袁世凯也进行了秘密的商讨，最后也派人去南京进行刺秦任务，而北洋军则在进行秘密的往武汉方向南移，所有人都以为袁世凯要对武汉方面动手，武汉政府也开始往郑州方向北移，双方的气氛十分严重。
在南京的秦宇对于北洋军和革命军的行动感到疑惑，但是情报部门的情报让他打消了疑惑，情报部门说袁世凯想对孙文下手逼迫孙文答应袁世凯把山西给他，袁世凯已经忍不了阎锡山的擦边球了，为了稳定后方必须拿下山西。对于这个秦宇还是不怎么管兴趣，但是为了防范以外还是要防护线的军队小心谨慎。
北洋军和革命军都在缓慢地前进着，秦宇在最近很是悠闲，很多事都开始上纲上线了也不怎么用他费力去管。
在南京一处隐蔽的角落里，有两个人在商讨着一件惊天的大事，陈其美和那个间谍在做着最后的准备，他们对秦宇的生活习惯进行了大量的观察后就确定要在闹市刺杀秦宇，刺秦计划进入倒计时。
1912年4月21日，秦宇按照以往的规矩坐车去华东政府的办公室工作，在车辆行驶到热闹的市区时，突然发现前面发生了什么事情，一帮人围在那里，当秦宇的护卫前去驱散人群后只看到一个年轻女子抱着一个躺在地上的老人在那痛哭，地上用石子写着卖身葬父，只用五十银元就可以把她卖下。
秦宇在知道后直接叫人送去五十银元给那女子让那女子去安葬她的父亲，那护卫很又回来说那女子说要见他，秦宇没有接受就叫人继续开车。只是刚刚启动汽车那女子就大哭着跑到车头跪着对汽车磕头，哭着说要见恩人，不然就不让走，秦宇只得走下车去见女子，而那些护卫也开始戒严保护秦宇。
秦宇看到那女子还跪着把头深深贴地哭泣着，秦宇就想走上去扶女子起来，秦宇刚走到女子的面前，那女子突然猛地抬头站起来，不知道什么时候手中已经多了一支手枪，女子对着秦宇就开枪，秦宇看到女子猛地站起来下意识地退了一步，再看到那女子手中的枪就举起双手护着头部和胸部，女子连开三枪后就被及时发现的护卫一枪爆头了，秦宇的左手中了两枪，左肩膀也中了一枪，秦宇并没有喊出声在那强忍着流冷汗。
枪声响后人群马上混乱了起来，护卫快速想靠近秦宇的身旁却被混乱的人群阻扰，突然枪声在秦宇的左边又响起，秦宇快速向右边扑倒，紧接着枪声再起，秦宇刚刚站着的位置顿时又出现了几个弹孔，这时护卫发疯了似的向秦宇奔去，有几个护卫快速地顺着枪声传来的位置跑去。
只见秦宇扑倒在地上后就没有起来，护卫快速跑到秦宇身边后发现秦宇的左肩背后有一个弹孔，鲜血不断流出来。秦宇已经昏迷了，脸色惨白，护卫立即拿来衣服捂住伤口把秦宇抬上车，一个护卫大声对着司机大喊道：“快点，以最快的速度去最近的医院。”车子迅速地飞驰着向最近的德国人开的那个医院奔去，一路狂飙地到达了医院，医院的护士很快就把秦宇送进了手术台。
那些护卫最后没有找到凶手，在得知秦宇遇刺的消息后蒋方震和陈富他们大发雷霆，蒋方震在第一时间让人对南京城戒严，许进不许出。蒋方震他们很快就来到了医院，看到秦宇还在手术中，陈富对着那些护卫就大骂其无能，最后在护士的呵斥下陈富才停止了骂声，而蒋方震过去拍拍他的肩膀安慰道：“我们还是快点找出真凶，到底是谁如此胆大包天敢对主席下手，还有要对外面封锁消息，先不要对主席夫人和秦夫人说这个。”
陈富很快就把驻扎在南京附近的第三军秘密调进南京城，华东就算挖地三尺也要把凶手挖出来。而袁世凯和孙大炮各收到刺杀秦宇的计划成功后都是非常的高兴，先前的女子刺杀是革命党的陈其美安排的，后面的枪声则是北洋政府的情报人员趁机枪击的，袁世凯和孙大炮都认为是自己的人刺杀成功的，为此两人还大吵了一次。
不管怎么样刺秦计划成功，他们只需要找些正当的理由来糊弄一下民众就可以发动对华东的战争，所以北洋和武汉方面都在积极地备战。
这次刺杀事件历史上称之为“4.21刺秦事件”，该次事件彻底成为三方大战的导火线，也被称为伟大的统一之战的序幕。