与姐姐独孤琴相比，独孤轩轩和万清源的相处的时间要长的多，姐姐独孤琴和万清源也就在一起相处了三年的时间，自己则和万清源在一起相处了有近二十年，并且是从小就在一起，所以对于万清源的一切，独孤轩轩是非常清楚地。
万清源对自己非常体贴照顾，对江南祁府也是和他的父亲大管家万程一样的忠心，独孤轩轩知道万清源对自己的好处，也知道万清源虽然说不多，但是心地是善良的，如果一定要找出一些毛病的话，那就是独孤轩轩知道在万清源的心底藏着一个秘密，那就是万清源对于自己的出生身份似乎有些感到卑微，以至于在和自己相处的时候，有一种潜在的压抑感，尽管独孤轩轩一直都将万清源想自己的大哥哥一样对待。
但是独孤轩轩还是能够感觉到万清源的这种情绪，虽然时有时无，但是却一直都存在着，并且随着年龄的增长这种感觉随之日益增加，只是万清源将这种情绪隐藏得非常之深而已。
之所以独孤轩轩能够感受到万清源的这种感觉，还是万清源自己本人无意之间从言谈之中流露出来的，也是在一次与独孤轩轩谈话过程中，万清源说话说露了嘴，独孤轩轩本就是一位机敏过人的大小姐，虽然万清源只是说出一句话，但是在当时的情况下，独孤轩轩还是被震动到了。
在独孤轩轩的记忆当中，万清源无意之间的表露应该只有那么一次，此后便再也没有第二次表露，万清源又将自己的真实想法深深地掩藏在内心深处。
其实万清源的这种掩藏，让独孤轩轩对万清源的感觉似乎起到了微微的变化，独孤轩轩知道万清源对自己非常的好，但是万清源这种掩藏自己内心想法的做法，让独孤轩轩感到有些疑惑，仅从这一点上分析，万清源的内心所想绝对可以证明万清源是一位颇有城府的人，更可以证明万清源是一位有着自己思考问题的独立视角的人。
后来因为独孤轩轩的年龄渐渐长大，江南祁府的主人祁初夫妇便将独孤轩轩的身世告诉了独孤轩轩，并且将独孤庆天留下的东西交付于独孤轩轩，这其中便有一本独孤剑法的剑谱。
独孤轩轩在知道自己的真实身世之后，性情大变，不久就离家出走，对于这种结果，是断魂刀祁初夫妇所没有想到的，祁初夫妇这些年来，已经将所有的亲情都倾注到独孤轩轩的身上，早已经将独孤轩轩视于自己的亲身孩子一般，独孤轩轩也深深地知道祁初夫妇对自己的爱是真心的。
但是独孤轩轩一时无法接受自己真正身世的突然明了，从感情上无法理解这一点，一直对自己疼爱的祁初夫妇突然之间就变得与自己没有任何血缘关系，而自己都不认识的独孤庆天却莫名其妙地变成了自己的父亲，还突然冒出一位姐姐，这种冲击力是一种绝对震撼的具有破坏力的力量，正是这种力量将独孤轩轩打击得有些头晕眼花，思绪混乱。
看到独孤轩轩如此表现，后来竟然悄悄离家出走，这一切都是因为告诉了独孤轩轩的身世之谜，祁初夫妇不免后悔万分，早知道这样，只要不告诉独孤轩轩真实情况不就行了。
可是断魂刀祁初始终觉得独孤轩轩已经长大成人，应该有权利知道自己的真实身世，如果一直隐瞒，这才是对独孤轩轩的最大伤害。
独孤轩轩离家出走之后，断魂刀祁初夫妇派人到处寻找独孤轩轩的下落，结果是杳无音讯，慢慢地等到过了一些时日，独孤轩轩自己终于回来了，但是整个人的心境和性格也都变得和以前不太一样。
断魂刀祁初夫妇只当是独孤轩轩受到打击，变得如此模样，希望再过一段时间便会好起来。可是后来独孤轩轩的闺房无辜失了一场大火，至此之后，独孤轩轩与以前相比恍若两人。
断魂刀祁初夫妇只当是独孤轩轩受到惊吓，再加上之前身世的打击，才变成这样，殊不知大火之后的独孤轩轩已经是冒名顶替的独孤琴。
只有独孤轩轩和独孤无寿知道，离家出走之后的独孤轩轩是去寻找独孤圣教，经过千辛万苦之后见到了冒名顶替独孤庆天的独孤教主独孤无寿，独孤轩轩拆穿了独孤无寿的真面目，独孤无寿苦于武功和心机都不如独孤轩轩，此时的独孤轩轩的断魂剑已经初具规模，再加上一笑山庄少庄主秦小痴前来江南祁府传授一笑剑法，所以独孤轩轩的剑法突飞猛进，不可同日而语。
独孤无寿怎能是独孤轩轩的对手，独孤轩轩在制服独孤无寿之后，便自己将自己立为独孤圣教的圣女，这样一来，独孤轩轩便凌驾于独孤无寿之上，因为独孤无寿本身就是一位冒牌的教主，只是独孤轩轩没有揭露而已，想着只要独孤轩轩不揭露自己的真实面目，什么要求也都答应，反正独孤无寿知道自己的武功与独孤轩轩相差太大，也没有什么资本来进行讨价还价。便只好任命。
独孤轩轩并没有想要当独孤教主的想法，只是觉得独孤圣教本是自己的父亲独孤庆天所创，如今竟然落到叔叔独孤无寿的手里，此时独孤轩轩并不知道父亲独孤庆天乃是被自己的这位叔叔独孤无寿所害，想着自己当上圣女，只要独孤圣教出现异常情况，独孤轩轩便可以立即出手掌控大局，如此一来，也不至于让独孤圣教没落。
后来，独孤轩轩得知父亲独孤庆天被叔叔独孤无寿囚禁在龙门山日光岩的山洞之中。只是当时心中怨愤，便认为父亲独孤庆天这是恶有恶报的结果，也就没有放在心上，任由叔叔独孤无寿自己做主。
独孤轩轩知道叔叔独孤无寿对自己是处于一直防范的状态，但是因为是自己的手下败将，又不能不服从自己。至于后面独孤无寿在暗中培植忠于自己的势力，独孤轩轩是有所知道的，只是有些看不起的缘故。