葛从周领军讨沧州，先攻德州，下之。及进攻浮阳，幽州刘仁恭大举来援。时都监蒋元晖对诸将说：“吾王命我护军，志在攻取，今燕帅来赴，不可迎战，当纵其入壁，聚食囷廪，力屈粮尽，必可取也。”葛从周对说：“兵在机，机在上将，非督护所言也。”乃令张存敬、氏叔琮守其寨。葛从周埋数千伏精兵在于乾宁军老鸦堤，幽州大军到来，双方大战，燕军死战不退，葛从周怒刺敌数将落马，老鸦堤伏兵尽出，葛从周于是大破燕军，斩首三万，获将佐马慎交已下百余人，夺马三千匹。
刘季述遣子刘希度至汴，言废立本计，说：“昭宗贪图女色，昏庸无能，屡败于诸侯，既没有做人君的品德，更没有治理国家的才能，我们应该联合将他废除，以安天下。”又遣李奉本赍示太上皇诰，朱全忠狐疑不决。心腹李振入见说：“竖刁、伊戾之乱，以资霸者。今阉奴幽劫天子，公不讨，无以令诸侯。”朱全忠乃囚刘希度、李奉本，遣李振至京师与崔胤谋。
是时刘季述欲尽诛百官、弑昭宗，挟太子以令天下。都将孙德昭、董从实盗没钱五千缗，王仲先众辱之，督打令其偿，株连甚众。崔胤听闻董从实等被刘季述杖打侮辱，乃请董从过来饮酒，闻董从闷闷不乐的不断把酒往肚子里灌，崔胤乘机间其不得意，说：“听闻王仲先以些许钱财当众侮辱将军等人，将军若能杀两中尉，迎太上皇，而立大功，何小罪足羞！”董从实把酒杯往地上一扔，怒说：“阉人刘季述、王仲先擅自废掉皇帝，我早想将其诛杀，有公相助，我志定矣！”崔胤大喜，又遣客密告左神策指挥使孙德昭，割带内蜜丸通意。孙德昭邀别将周承诲，期十二月的最后一天，伏士安福门。
待旦，王仲先乘肩舆造朝，孙德昭等劫之，斩于东宫门外，叩少阳院呼说：“逆贼斩矣。”昭宗疑未信，皇后说：“可献贼首。”孙德昭掷仲先头以进，宫人毁囚昭宗和皇后的禁扉，昭宗出御长乐门，群臣称贺。
周承诲驰入左军，执刘季述、彦范至楼前，崔胤先戒京兆尹郑元规集万人持大梃，昭宗还没有谴责问罪刘季述，万梃皆进，刘季述、彦范二人同死梃下，两军支党死者数十人。中官奉太子遁入左军，昭宗收太子的传国玉玺。薛齐偓投井而死，出其尸斩之。众大臣奏请杀掉太子李裕，昭宗说：“太子年纪幼小，是被逆贼强迫所立。依旧让他返回少阳院，复为德王”。
朱全忠槛送程岩京师，昭宗下令斩于市。刘季述等夷三族。以孙德昭检为校太保、静海军节度使，从实检校司徒、容管节度使，并同中书门下平章事，赐氏李，曰继昭。周承诲亦检校司徒、邕管节度使，视宰相秩。皆号“扶倾济难忠烈功臣”，图形凌烟阁，留宿卫凡十日乃休，竭内库珍宝赐之。当时孙德昭、周承诲与崔胤号“三使相”，人臣无比。
昭宗铲除刘季述的势力后，以宦官韩全诲调典禁军，唐昭宗因为宦官专权，骄横跋扈难以驾驭，常常怀有诛灭剪除韩全诲的想法。宰相崔胤更是忌恨宦官韩全诲等人。唐昭宗对崔胤：“凡是有机密的奏章，一定装入囊袋中并且密封好，呈送给朕，一定不要在便殿面奏。”
宦官韩全诲等得知这一事情后，在京城访求到几十个美女进献给昭宗，以作为自己的耳目。韩全诲通过这些美女暗中掌握昭宗和大臣密谋的事情，昭宗却没有觉察韩全诲等人的阴谋。韩全诲于是和众宦官谋，说：“崔胤得势我等死无葬身之地。”于是把奸细寇同华安排在崔胤身边，并用重金和甜言蜜语贿赂在朝外的藩镇节度使们作为自己的靠山，准备把宰相崔胤这个眼中钉拔除。
当时正值伏腊祭祀聚宴，崔胤对昭宗痛哭流涕，说：“宦官专权，祸害朝廷，皇上如不立即处理，危在旦夕”。恰巧汴人寇同华得知崔胤的谋划，并密告给韩全诲。韩全诲于是调动宫中禁军，联合李继筠，摆开阵势，逼迫昭宗皇帝移驾凤翔，以投靠李茂贞。宰相崔胤于是联络朱全忠，请其起兵入关，协助诛灭宦官。
朱全忠听说葛从周大败幽州兵军威大振，于是决定亲率大军讨伐定州军阀王郜和成德军节度使王镕，王郜乃王处存的儿子，乾宁二年895年，王处存死于镇所，其子王郜继任义武节度使，朝廷加封其为检校司空、同中书门下平章事，王郜封其叔王处直为后院中军都知兵马使。
朱全忠来袭，王郜派王处直率义武军在沙河抵抗梁兵，朱全忠派大将张存敬率宣武军三万取定州，王处直对众将领说：“朱温的宣武军精锐，我想在迎战宣武军之前依城建栅栏阻其前进以疲之”。孔目官梁汶说：“张存敬军队才三万，我们义武军则有五万，数量占优，应该立即出战”。王郜也下令出击，王处直于是带兵出击，张存敬令偏将带领五千士兵出到义武军后面，自己带领二万大军迎战，王处直想一口把张存敬的宣武军吃了，下令从两侧包抄张存敬的大军，张存敬令军队一分为二，两边抵挡，自己率亲兵突入千方死战，王处直与张存敬战正甘，突然后面的汴州宣武军杀出，义武军大溃，王处直狼狈而逃，士兵过半被杀。
王处直大败，害怕王郜责怪，密令部队发起兵变，义武军众将领推举王处直为首领，王处直率兵回定州驱逐节度使王郜，王郜逃亡河东，士兵随后推王处直为留后，王处直于是与朱全忠讲和，答应归顺朱全忠。
光化三年900年，朱温派人诏王镕绝河东以归顺，王镕犹豫不决。时朱全忠在滑台，乃亲自率军三万至临洺，朱全忠对葛从周说：“李嗣昭被我围困，一定从青山口撤退，将军领一军在前面埋伏。”葛从周于是设伏于青山口，朱温率军围困洺州，李嗣昭弃城而逃，敛军而退，刚到从青山口，上面石头弓箭齐下，晋军大乱，葛从周骤马而出，李嗣昭飞马来敌，两人大战五十回合，晋军伤亡惨重，李嗣昭虚恍一枪，立即逃命，葛从周率军追赶，李嗣昭的偏将王郃郎、杨师悦等被擒。葛从周复洺州，李嗣昭北遁，张归霸和丁会出兵袭击，杀敌军二万余众，复潞州。捷报至，朱全忠以功加张归霸检校司空，任命丁会为昭义留后。
朱全忠得到李嗣昭的辎重，其中有王镕给李嗣昭的信件，很多都谈论到汴军的事情。朱温看后很是愤怒，乃令葛从周为先锋，进攻成德，兵至临城。
葛从周率军攻城，眼看城池不保，墨君和大怒，脱掉光禄大夫官服，穿上自己的粗布麻衣，一手拿起自己重八十斤的大弓，飞步跑上城墙，拉弓对准葛从周就是一箭，葛从周见厉箭飞来，用刀一劈，箭被砍成两截，箭头却从葛从周胸口穿过，葛从周应声落马，将士连忙过来扶持，朱全忠听说葛从周重伤，亲自率军至傅城，焚其南关。
王镕见汴兵久战不退，很害怕，其判官周式说：“我们现在无法与梁军力争，只有以理来说服朱温，吾与朱温有旧交，请到梁军中说服朱温。”王镕大喜，令其出使汴营。
周式出城来到汴军军营，朱全忠见到周式后，大骂道：“我多次用书信招王镕小儿，他既然不来，现在本王亲征，你却来了，可惜已经太晚了。况且晋是孤的仇敌，王镕却归附了他，孤知道李嗣昭一定在你们城中，你们把他交出来吧。”朱温把王镕给李嗣昭的书信拿出来给周式看。周式说：“郡王只想得到一个镇州而已？还是想成就天下霸业？称霸者只会因大义而责备别人，而不会因私人恩怨而责难别人，如今天子在上，各路诸侯又各守封地，和睦共处，所以战争才得停息，百姓才得以休养。昔时曹操破袁绍，得到魏国将吏给袁绍的书信，全部都焚烧了，这是英雄之举啊！如今郡王知道举兵无名，却以李嗣昭为借口。况且王氏五世六公据有赵地，难道没有英勇敢死之士吗？”朱全忠听了之后很高兴，起来拉着周式衣袖对他说：“孤只是在说笑而已！”于是把周式延入上座，商量与王镕议和。
王镕送牛、酒、货物、钱币去犒劳汴军，以其长子王昭祚以及成德大将梁公儒、李宏规各一个儿子为人质，随朱全忠回汴梁，王镕与汴结盟，朱全忠将女儿嫁给王昭祚。
昭宗以珂为河中节度，授以旄钺，仍充供军粮料使。既诛王行瑜，克用以女妻之。王珂亲至太原、言王珙文武双全，自己不敌。李克用令李嗣昭将兵助王珂攻王珙，珙每战频败，不断拿部下出气。王珙性惨刻，人有逾犯，必斩首置于座前，言笑自若，部下咸苦之。因其削弱，皆怀离叛。光化二年六月，部将李璠杀珙，自称留后。王珂与李璠约和，李璠乃拥护王珂为河东节度使。
朱全忠听闻李璠造反、韩全诲与李茂贞夹持昭宗到凤翔，大怒，令大将张存敬率军返回汴州。把十万大军交给葛从周、李思安和王重师，自己率十万大军西进，准备诛杀宦官，以图反正。
朱全忠在操场激励将士，全忠对众将士说：“河中部将李璠杀王珙，以下犯上，韩全诲与李茂贞夹持皇上到凤翔，我们应该进关勤王，铲除逆贼。”将士们欢呼。朱全忠于是对张存敬说：“王珂恃太原之势，侮慢邻封，尔为我持一绳以缚之，孤随后就到。”张存敬领命出发。
天复元年春，张存敬兵下晋、绛，令部将守晋州以扼太原援师。二月，大军逼河中，王珂妻书告太原说：“敌势攻逼，朝夕为俘囚，乞食于大梁矣，大人安忍不救！”李克用说：“前途既阻，众寡不敌，救则与尔两亡。可与王郎归朝廷。”王珂复求救于李茂贞，茂贞不答。珂势穷蹙，即登城对张存敬说：“吾与汴王有家世事分，公宜退舍，俟汴王至，吾自听命。”存敬即日退舍。
三月，朱全忠自洛阳至，先哭于王重荣之墓，蒲人闻之感悦。王珂欲面缚牵羊以见，朱温说：“太师阿舅之恩，何时可忘，郎君若以亡国之礼相见，黄泉其谓我何！”（朱温自同州降唐，即依重荣，以自己的母亲也姓王，故事重荣为舅。）及珂出迎于路，朱全忠与王珂握手歔欷，联辔而入。朱温乃以居敬守河中，令王珂举家徙于汴。
宦官韩全诲迫天子幸凤翔，韩建亦预其谋。朱全忠闻之，自河中引军而西。前锋至同州，建判官司马邺以城降，朱全忠遂移军迫华州，韩建惧，乞降。朱全忠怒对韩建说：“你与韩全诲、李茂贞威胁君主，该当何罪？”韩建拜伏称：“此从事李巨川之谋也。”巨川诣军门纳款，因言当世利害。全忠亲信敬翔以文翰事左右，疑巨川用则全忠待己或衰，乃对朱温诡说：“巨川诚奇才，顾不利主人，若何！”朱全忠于是将李巨川诛杀。朱温与韩建素有军中昆弟之契，及见，其怒骤息，寻表韩建为许州节度使。
朱全忠大军逼近凤翔，李茂贞遣养子李继远领兵万人屯于武功以拒朱温，朱全忠遣康怀英出战，两马对垒，双方大骂，康怀英和李继远大战六十回合，不敌，康怀英率军一阵大杀，李继远大败，被掳甲士六千余众。
朱全忠率军到岐山，看到附近几个山头没有岐人驻扎，大喜，令军士占领制高点。李茂贞见自己的壁垒里面虚实全部被朱温窥见，大惊，乃遣使奉书自陈其失，请朱温入觐昭宗。朱全忠于是从岐山制高点撤出军士，李茂贞见朱温撤兵，立即占领制高点、并且渝约、闭壁不让朱温大军进入，朱全忠无奈撤师回长安。
韩全诲与李茂贞逼昭宗召天下诸侯诛杀朱全忠。韩全诲的矫诏至青州，节度使王师范承诏泣下说：“吾辈为天子籓篱，君父有难，略无奋力者，皆强兵自卫，纵贼如此，使上失守宗祧，危而不持，是谁之过，吾今日成败以之！”乃发使通杨行密，遣将刘鄩袭兗州，别将袭齐。
王师范听闻朱温大军在长安，华州空虚，乃遣将张居厚部舆夫二百，言有献于汴王。张居厚至华州城东，华州守将娄敬思疑其有异，剖舆视之，乃兵仗也。居厚等因呼，个个拔刀砍将进去，杀娄敬思，聚众攻西城。时崔允在华州，遣部下闭关拒之，张居厚遂遁去。
刘鄩准备夺取兖州，先遣细人诈为鬻油者，觇兖城内虚实及出入之所。其奸细视罗城下一水窦可以引众而入，大喜，回去告诉刘鄩，刘鄩说：“我得志矣”。鄩乃告师范，请步兵五百，半夜自水窦衔枚而入，刘鄩入据子城，甲兵精锐，城内人皆束手，莫敢旅拒。兖州一夕而定，军城晏然，市民无扰。葛从周时为节度使，领兵在外，闻州城为鄩所据，家属悉在城中，大惊，向朱全忠请求回兵击刘鄩。刘鄩善抚从周家，移就外第，供给有礼，升堂拜从周之母。
葛从周率大军来到城下，准备攻城，刘鄩以板舆请其母登城，母告从周说：“刘将军待我甚至，不异于儿，新妇已下，并不失所。刘将军与尔各为其主，尔其察之。”从周歔欷而退。刘鄩料简城中老疾及妇人浮食百姓不足与守者，悉出之于外，乃与将士同甘苦，分衣食，以抗外军，戢兵禁暴，居人泰然。葛从周攻围既久，刘鄩无外援，人情稍有去就之意。
一日，节度副使王彦温逾城而奔，守陴者从之而逸，刘鄩之守兵禁之不可，鄩即遣人从容告彦温说：“请副使少将人出，非素遣者请勿带行。”又扬言于众说：“素遣从副使行者即勿禁，其擅去者族之。”守民闻之皆感，奔逸者乃止。葛从周闻之，疑彦温有奸，即戮之于城下。刘鄩听闻大喜，自是军城遂固。