刘鄩偷袭兖州，河南数十郡同日发。朱全忠闻之，大怒，遣朱友宁率军讨青州。王师范遣其弟将兵围齐州，朱友宁引兵救之，内外夹击，青州兵大败，朱友宁夺马四千蹄，斩首数千级。时青州兵数千，越险潜伏，欲入兗州。朱友宁知之，伏兵于兗南邀之，青州兵争相入城，朱友宁伏兵并起，大破青州兵，竟无免者。自是兗壁危窘，朱友宁督诸军进逼营兵。首攻博昌县，月余未能拔。朱温怒，遣刘捍督战。朱友宁乃下令俘民众十余万，各领负木石、牵牛驴，于城南造土山。既至，合人畜木石排而筑之，冤枉之声，闻数十里。土山成，博昌城陷，朱友宁尽屠其邑人，清河为之不流。及进迫青垒，汴兵与青州人战于石楼，王师范逆战，奋勇杀敌，汴师小却，朱友宁旁自峻阜看到，驰骑以赴敌，所乘马蹶而仆，被王师范擒拿。王师范将朱友宁斩首，传首于淮南。
朱全忠听闻友宁被杀，激怒，复令杨师厚领兵三万回征王师范，师厚攻青州，屯驻在临朐，扬言要向东攻取密州，留辎重在后。王师范听闻杨师厚大军前去攻打密州，想乘虚偷袭临朐，夺取杨师厚的辎重。师厚设伏于临朐，王师范大军到来，个个抢夺辎重，杨师厚伏兵齐出，一阵狂杀，王师范大败，师范与弟王师克杀出重围，师厚追至圣王山，王师克对其大哥说：“贼至矣，兄长先走，我押后。”王师范不忍。王师克说：“青州可无师克，不可无兄。”王师范乃奔马而逃。王师克带领八十个都将与杨师厚大战，三十回合后被擒，青州兵被杀万余人，都将八十人被擒。
王师范兵力渐窘，葛从周以祸福谕刘鄩说：“识时务者为俊杰，汴王雄霸天下，拥有地方万里，精兵二十万，将军文武双全，何必跟随王师范？如能俾之革面，则富贵享之不尽。”刘鄩报说：“俟青州本使归降，即以城池还纳。”
天复元年春，氏叔琮领大军攻拔泽、潞，遂引兵北掠太原。氏叔琮有将陈章者，以虓勇知名，众谓之“夜叉”，言于叔琮说：“晋人所恃者周阳五，愿擒之，请赏以郡。”氏叔琮壮之，说：“如真能擒拿周德威，我一定禀报汴王。”李克用派周德威敌氏叔琮，戒说：“我闻陈夜叉欲取尔求郡，宜善备之。”德威说：“陈章大言，未知鹿死谁手！”大军出发，周德威戒部下说：“如阵上见陈夜叉，尔等但走。”陈章尝乘骢马朱甲以自异，德威微服挑战，部下伪退，陈章纵马追之，德威背挥铁楇击陈章堕马，生获以献，由是知名。
天复二年正月，朱全忠复次于武功，岐人坚壁不战，朱全忠强攻，不下。时，长安城中粮食已尽，乃回军于河中。二月，李克用令大将周德威、李嗣昭率晋军潜袭绛州，汴前军不利。周德威和李嗣昭乃大举南下，声言来援凤翔，朱全忠遣朱友恭帅师会晋州刺史氏叔琮以御之，晋军恃胜攻临汾，叔琮严设备御，对众将士说：“谁敢混入沙陀军擒敌而回？”校尉们个个出列，氏叔琮乃于军中选壮士二人，深目虬须，貌如沙陀者，令就襄陵县牧马于道间。两人在道边牧马，晋军浩浩荡荡的开过，见之不疑，二人因杂其行间，俄而伺隙各擒一人而回。晋军大惊，队伍开始哄散，周德威和李嗣昭疑有伏兵，遂退据蒲县。
朱友恭将兵数万来援，悉委氏叔琮节制。大军既至，诸将皆欲休军，氏叔琮说：“若然，则贼必遁矣，遁则何功焉！”因夜出，潜师截其归路，遇晋军游骑数百，尽杀之；遂攻其垒，周德威和李嗣昭拼命抵挡，边军势大，两人抵挡不住，落荒而逃。氏叔琮拔其垒，斩获万余众，夺马三百匹。翼日，氏叔琮再犯德威之营，汴军十余万列阵四合，周德威、李嗣昭血战解之，乃保军而退，汴军因乘之。晋诸将溃散，无复部伍，德威引骑军循西山而遁。李克用闻其败也，遣李存信率牙兵至清源应接，复为汴军所击。朱全忠闻之，喜对左右说：“杀蕃贼，破太原，非氏老不可！”氏叔琮乃长驱收汾州，与晋人转战，直抵并垒，生擒李克用儿子廷鸾。叔琮凯旋而回，朱温闻捷，大喜，对左右说：“此岐人之所恃也，今既如此，岐之变不久矣。”以其功奏加氏叔琮检校司空。
朱全忠见李嗣昭、周德威大败，乃派数路大军同时伐晋，想一举消灭李克用，氏叔琮率兵五万自太行路寇泽、潞，魏博大将张文恭领军自新口入，葛从周领兗、郓之众自土门入，张归厚以邢、洺之众自马岭入，定州王处直之众自飞狐入，骁将侯言以晋、绛之兵自阴地入。
氏叔琮、康怀英营于泽州之昂车，李存璋死守泽州。李克用令李嗣昭将三千骑赴泽州援李存璋。氏叔琮和康怀英以大军压泽州城，李嗣昭和李存璋抵挡不住，落荒而逃。汴军至潞州，是时，晋偏将李审建先统兵三千在潞州，李审建与潞州刺使孟商议说：“晋军气势已去，我们不如归顺汴军。”孟迁乃开门迎氏叔琮，降于汴，朱全忠仍令孟迁为潞州刺使。沁州刺史蔡训亦以城降于汴，氏叔琮悉其众趋石会关，乃以审建为乡导，向晋阳推进。
梁人营于洞涡，别将白奉国与镇州大将石公立自井陉入，陷晋承天军。及攻寿阳，辽州刺史张鄂以城降于梁，晋阳大恐。汴军营于晋祠，李嗣昭、周德威收合余众，登城拒守；汴人治攻具于西北隅，四面营栅相望。时镇州、河中皆为梁有，孤城无援，师旅败亡。李克用亲自拒守，昼夜登城，忧不寝食。克用见朱温势大，召诸将说：“孤欲出保云州，就是不利，也可以退到契丹，以图后举。”李嗣昭说：“王勿为此谋，兒等十七太保苟存，必能城守。”李存信说：“事势危急，不如且入北蕃，别图进取。朱温兵师百万，天下无敌，关东、河北受他指挥，今独守危城，兵亡地蹙，傥彼筑室反耕，环堑深固，则亡无日矣！”李克用将从之，李嗣昭亟争说：“不可，晋阳控带山河，踞天下之肩背，襟四塞之要冲，控五原之都邑，乃大唐龙兴之地。”李克用犹豫未决，其正室刘妃极言说：“存信本北方牧羊兒也，焉顾成败！王常笑王行瑜弃城失势，被人屠割，今复欲效之，何也？王以前长期避难塞外，几遭达靼陷害，赖遇朝廷多事，方得复归。今一旦出城，便有不测之变，焉能远及！”李克用乃止行。
晋王李克用见土疆日蹙，城门之外，鞠为战场，忧形于色。儿子李存勖因启说：“夫盛衰有常理，祸福系神道。吾家世三代，尽忠王室，势穷力屈，无所愧心。物不极则不反，恶不极则不亡。今朱氏攻逼乘舆，窥伺神器，陷害良善，诬诳神祇。以臣观之，殆其极矣。大人当遵养时晦，以待其衰，何事轻为沮丧！”李克用释然，因奉觞作乐而罢。
数日，晋亡散之众复集。李嗣昭对众将说：“君辱臣死，现在汴寇在我们晋阳城外嚣张跋扈，我们不挫他们的锐气军威不振！今晚谁敢和我偷袭汴寇？”众将个个沉默，李嗣源应声而出说：”我愿意跟随兄长出生入死。“李嗣昭大喜，与李嗣源夜入汴军，斩将搴旗，敌人扞御不暇，自相惊扰。氏叔琮大怒，斩杀乱兵数人，怒对众将士说：“沙陀佬现在只剩下孤城了，你们再惊扰皆杀无赦。”军心稍微开始稳定下来。李嗣昭和李嗣源得胜回城，晋军士气大振。深夜，李嗣昭又分兵四出，斩将搴旗，汴军保守不暇。嗣昭朝夕选精骑分出诸门，排击汴营，左俘右斩，或燔或击，汴军疲于奔命；时霖雨积旬，梁军屯聚既众，刍粮不给，复多痢疟，师人多死。
二十一日，朱友贞与氏叔琮商议说：“大军出征打仗最重要的是粮草，现在粮草不继，天又阴雨绵绵，这对我军是不利，况且敌人守城益固，不如退兵？”氏叔琮也有撤兵打算，于是向朱全忠请求撤兵。朱全忠同意，朱友贞与氏叔琮乃烧营退去。
四月，李茂贞遣李继远复领大军屯于虢县之汉谷，汉谷前临巨涧，后倚峻阜，地形险要，朱全忠令大将康怀英率骑兵三千人击之，李继远见康怀英兵少，有轻视之意，于是率甲士万人挑战。康怀英先以千余骑兵迎击，李继远率军前压，想一口吃掉康怀英，康怀英佯退，把李继远大军引到埋伏圈，伏兵齐发，奔击之，又大败李继远。
韩全诲听闻李继远又败，惊恐不安，唐丞相崔允自华州来见朱全忠说：“国运艰难危急，救驾之事不可缓；吾虑群阉拥昭宗幸蜀，请汴王速救驾”。朱全忠为之动容，说：“崔丞相不必多虑，孤破李茂贞必然。”崔允将辞，朱温启宴于府署，朱温举酒，崔允情激于哀，因自持乐板，声曲以侑酒。朱全忠甚悦，座中以良马珍玩之物作为送别礼，既行，命诸将缮戎具，准备再次亲征凤翔。
五月丁巳，朱全忠复西征。次于虢县，与岐军大战，自辰至午，杀万余众，擒岐将校数百人，朱全忠乘胜遂逼其垒。李茂贞倾其精锐复出求战，汴军不利。朱全忠见李茂贞的精锐全部在虢县，乃遣大将孔勍出师取凤、陇、成三州，孔勍以强击弱，皆下之。是时，岐人相率结寨于诸山，以避汴军；朱全忠分兵以讨，浃旬之内，并平之。
时，汴伐晋大军皆退。氏叔琮军出石会，周德威、李嗣昭以精骑五千蹑之，氏叔琮没有后警，被周德威和李嗣昭偷袭，汴军大败，晋军杀戮万计。李嗣昭追击，复收汾、慈、隰等州。氏叔琮既还军，过潞州，掳孟迁以归，朱全忠恶其反覆，杀之。
鄜坊节度使李周彝听闻汴伐晋阳的大军败退，乃屯军于三原，声援李茂贞，其势甚盛，朱全忠以岐军诸寨连结稍盛，因亲统千骑登高诊之。见李周彝军士无备，立即命康怀英讨之，康怀英率领骑兵如狂风般杀来，李周彝望而生畏，拔军而遁，康怀英追击至梨园，攻下翟州。李茂贞又出军屯奉天，想夺回翟州，康怀英攻之，再败之，李茂贞乃坚壁不战。
朱全忠见李茂贞不战，且虑师老，思欲旋旆以归河中，因密召上将数人语其事。时亲从指挥使高季昌独前出抗言说：“天下雄杰，窥此举者一岁矣；今岐人已困，愿稍微等待时机进攻。”朱全忠嘉其言，因说：“兵法贵以正理，以奇胜者诈也，乘机集事，必由是乎！”乃命季昌密募人入岐偷袭李茂贞，寻有骑士马景坚愿应命，且说：“是行也，必无生还的理由，愿写下自己的妻子和儿女的名字，请汴王不要忘记他们。”朱全忠凄然止其行，马景固请，时因朱友伦总骑军且至，乃许之。
明日军出，岐人诸寨屏匿如无人，马景因跃马西走，直叩岐人防御要地，马景诈言说：“朱温出师久矣，军士埋怨即将东遁，列寨尚留万余人，俟夕将遁矣，宜速掩之”。李茂贞信其言，遽启二扉，悉众来寇。时汴诸军以介马待之，中军一鼓，百营俱进，又分遣数骑以据其高地。岐人进不能驻其趾，退不能入其垒，被杀戮蹂践，不知其数。李茂贞由是丧胆，但闭壁而已。
李茂贞的弟弟鄜帅李茂勋听闻其大哥兵败，乃统兵万余人屯于岐之北原支援李茂贞，与城中举烽以相应。翼日，朱全忠以周彝既离本部，鄜畤必无守备，因命孔勍乘虚而袭，孔勍攻下鄜畤。李茂勋闻之，收军而遁。李茂贞既失鄜州之援，愕然有瓦解之惧，诸将议还警跸，李茂贞乃丢车保帅，诛杀韩全诲和李继筠与朱温议和。
三年正月甲寅，李茂贞启壁，奉昭宗还长安，崔胤对昭宗说：“皇上落难皆宦官所为，臣请尽杀宦官。”昭宗从其议，于是朱全忠命军士尽杀宦官数百人，其出使在外监军者，令各地藩镇全部诛杀，只留职位低而幼弱者二一十人以备洒扫。唐昭宗降使宣问慰劳朱全忠，兼传密旨。寻又命翰林学士韩渥押赐朱全忠紫金酒器、御衣玉带。
丁巳，昭宗遣中使押送军容使韩全诲已下三千余人首级以示朱温。朱全忠大喜，说：“韩全诲等宦官多行不义弊自毙，这是报应。”昭宗说：“此乃卿之功劳。”乃发离凤翔，幸左剑寨，权驻跸朱温营。朱全忠素服待罪，昭宗命学士传宣免之，朱温即入见称罪，拜伏者数四。既而促召升殿，密迩御座，且说：“宗庙社稷是卿再造，朕与戚属是卿再生。”因解所御玉带面以赐朱温；朱温亦以玉鞍勒马、金银器、纹锦、御馔酒果等躬自拜进焉。及昭宗华东行，朱全忠匹马前导十余里，昭宗宣令止之。
己巳，昭宗至长安，谒太庙，御长乐楼。礼毕，对朱全忠说：“朕生入旧京，是卿之力也。自古救君之危，曾无有如是者。况今日再及清庙，得亲奉觞酒，奠于先皇帝室前，卿之德，朕知不能报矣！”即召朱全忠执手，声泪俱发者久之。翼日，昭宗以朱全忠为守太尉、兼中书令、宣武宣义天平护国等军节度使、诸道兵马副元师，加食邑三千户，实封四百户，仍赐回天再造竭忠守正功臣。
戊戌，朱温留亲信李振和侄子朱友伦留长安以宿卫，准备建旆东还，昭宗御延喜楼送之，既醉，遣内臣赐御制《杨柳词》五首给朱温。其中一首是：“一树春风千万枝，嫩于金色软于丝。不知黛眉是谁画，时人皆叹是西施。”